Wnętrze świątyni, kryte stropem, oświetlają trzy okna od strony południowej.
Najcenniejszym elementem wystroju wnętrza jest unikatowa polichromia patronowa ( szablonowa) z około 1500 roku, jedyna zachowana w Europie kompletna polichromia na drewnie. Malowidła, wykonane temperą, pokrywają niemal całe wnętrze świątyni i składają się z 77 motywów w tym ornamentów roślinnych i geometrycznych oraz motywów figuralnych, w tym scen myśliwskich.
Wyposażenie wnętrza uzupełnia m.in. cenny tryptyk z początku XVI wieku z elementami renesansowymi, malowane gotyckie tabernakulum z drewna z XIV wieku, gotycki krucyfiks z 1380 roku ( najstarszy element świątyni) oraz trzy ostrołukowe portale.
Jako ciekawostkę warto podać, że w kościele przechowuje się unikatowe dzwonki ( cymbałki) z XV wieku oraz chorągiew wojenną z czasów Odsieczy Wiedeńskiej. W świątyni znajdował się także najstarszy obraz tablicowy w Polsce , pochodzący z około 1280 roku i przedstawiający św. Katarzynę i św. Agnieszkę ( obecnie w Muzeum Archidiecezjalnym w Krakowie).
Inna ciekawostka pochodzi ze świata filmu. To w tym kościele nagrywano scenę ślubu Janosika z Maryną w znanym serialu o zbójniku
.
Część zamieszczonych zdjęć z wnętrza świątyni to zakupione pocztówki, a autorem zdjęć jest ks.L.Filipek.
.
