Słownik poprawnej polszczyzny PWN kładzie nacisk na to, że spójnik natomiast powinien wyrażać przeciwieństwo, i kwestionuje zdanie, w którym warunek ten nie jest spełniony: „W Gdańsku Lechia wygrała ze Śląskiem, natomiast w Warszawie Legia rozgromiła Zagłębie”. Wydaje mi się, że przykład został nie najlepiej dobrany, gdyż między wygrała a rozgromiła można dopatrywać się zarówno podobieństwa, jak i różnicy. Redaktorzy SPP radzą jednak zamiast natomiast użyć tu spójnika a. Dodajmy, że dobre byłoby także zaś, postawione wewnątrz drugiego zdania: w Warszawie zaś…
Niektórzy autorzy zalecają, by słowo natomiast (podobnie jak bowiem czy zaś) umieszczać nie między zdaniami, lecz po pierwszym lub jeszcze dalszym składniku drugiego zdania, np. „Nikt nikomu nie pomagał, chociażby dobrym słowem, wszyscy natomiast złorzeczyli powstańcom” (M. Nurowska). Jest to prawdopodobnie spadek po dawnych podręcznikach retoryki, w których natomiast zalecano używać podobnie do łacińskiego autem. Dziś taka reguła nie obowiązuje, międzyzdaniowe natomiast jest bardzo częste i nie gorsze od wewnątrzzdaniowego.
Nierzadka jest też pozycja inicjalna tego słowa w zdaniu usamodzielnionym, choć nawiązującym do poprzedniego, np. „Architektura sceny ta sama co w Akcie I. Natomiast ściany zmieniły kolor na brudnożółty” (S. Mrożek, oba cytaty za NKJP).